8 sierpnia 1996 roku firma id Software opublikowała oświadczenie prasowe, którego tematem było rozstanie z Johnem Romero. Amerykanie poinformowali, że rozwód przebiegł w przyjacielskiej atmosferze, a współautor takich hitów, jak Doom, Wolfenstein 3D i Quake, zamierza w niedalekiej przyszłości powołać do życia studio Dream Design. Zgodnie z zapowiedzią Romero opuścił swoich kolegów niedługo później i wraz z Tomem Hallem (również związanym niegdyś mocno z id Software) założył swoją własną firmę. Świat poznał ją jednak pod nazwą Ion Storm.
Dziś może wydawać się nam to mało istotne, ale wówczas informacja o rezygnacji Johna Romero była ogromnym wydarzeniem. Firma id Software kilka tygodni wcześniej świętowała premierę gry Quake, więc nieoczekiwane odejście kluczowego dla jej sukcesu pracownika wydawało się dużym osłabieniem uwielbianego przez fanów strzelanin zespołu. Chęć założenia swojego studia wygląda jednak na wystarczająco dobrą wymówkę dla samego Romero – choć Ion Storm z werwą rozpoczęło produkcję wielokrotnie opóźnianej i rozczarowującej gry Daikatana, szyldem tym sygnowane były również naprawdę udane produkcje, m.in. Deus Ex (2000) i Thief: Deadly Shadows (2004).
Firma id Software powstała w lutym 1991 roku z inicjatywy czterech pracowników studia Softdisk. Mimo że z powodzeniem działa ona dalej i już niedługo będzie świętować premierę kolejnej produkcji (Doom Eternal), żadnego z założycieli nie ma już w jej szeregach. Pierwszym odpalonym był Tom Hall (1993), drugim John Romero (1996). W 2013 roku okręt opuścił John Carmack, a dwa lata później Adrian Carmack, który mimo identycznego nazwiska, nie jest w żaden sposób spokrewniony ze słynnym twórcą silników 3D.
Prawda o odejściu Romero wyszła na jaw dopiero w maju 2003 roku, kiedy na rynku ukazała się książka Masters of Doom Davida Kushnera. Amerykański autor, który przeprowadził setki wywiadów z ludźmi związanymi z id Software, przedstawił zupełnie inne okoliczności „rezygnacji” programisty, zdecydowanie dalekie od przyjacielskich. Całkiem sporo miejsca poświęcił fatalnym relacjom panującym w zespole podczas prac nad grą Quake i wewnętrznym konflikcie pomiędzy Johnem Romero i Johnem Carmackiem. Ten ostatni zarzucał swojemu koledze zerowe zaangażowanie w projekt i brak spójnej wizji co do tego, czym nowe dzieła zasłużonego studia miało w ogóle być. Romero forsował pomysł stworzenia trójwymiarowej gry z gatunku fantasy, w której pierwszoplanową rolę odgrywałaby walka z zwarciu (temu właśnie zawdzięczamy bezużyteczny topór w Quake’u, przeciwników w postaci rycerzy i średniowieczny wygląd niektórych lokacji). Z książki Kusnera wynika, że po wielu miesiącach prac Carmack storpedował tę koncepcję i przychylił się do idei stworzenia klasycznego shootera w stylu Dooma, która ostatecznie uratowała produkt i pozwoliła mu ujrzeć światło dzienne.
Romero nie był zadowolony z postępowania swojego kolegi, zwłaszcza, że Carmack w dość kontrowersyjny sposób zarządzał firmą. Słynny programista wystawiał swoim kolegom oceny szkolne za pracowitość, doszło nawet do tego, że w tajemnicy napisał aplikację, która mierzyła czas, jaką John Romero spędza przy komputerze w biurze id Software i jak się miało okazać – spędzał go niewiele. Książka Masters of Doom utrzymuje, że przyszły pomysłodawca Daikatany został praktycznie zmuszony do podpisania wypowiedzenia, choć sam nigdzie się nie wybierał. W tym wszystkim szkoda było jedynie Quake’a, który po przyspieszeniu produkcji był daleki od ideału. Na szczęście strzelanina obroniła się na rynku, w czym główna zasługa udanego trybu multiplayer – szalenie popularnego w kolejnych latach.